有机配体靶向端粒DNA G-四链体的分子模拟
作者：李锦莲 著
出版时间：2015年版
内容简介
分子模拟技术在研究药物与靶点之间相互作用机制方面，展示了实验不可比拟的优势。本书以分子对接、分子动力学、量子化学计算等方法为研究手段，模拟了不同有机配体与平行型，反平行型和杂化型以及高阶端粒DNA G-四链体形成的复合物的动力学行为，通过讨论平衡状态时复合物的结合方式、结合自由能以及中心G-四集体的电子性质等，从分子水平深入分析了端粒DNA G-四链体沟槽的结构特征，以及不同的结构特征对配体结合的影响，为针对不同端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计提供理论依据。
目录
第1章 绪论\t1
1．1 DNA G-四链体简介\t1
1．1．1 小分子配体靶向DNA G-四链体的抗肿瘤作用机制\t3
1．1．2 DNA G-四链体末端堆积配体\t3
1．1．3 DNA G-四链体沟槽结合配体\t5
1．2 药物配体与生物大分子的相互作用及选择性\t5
1．2．1 药物配体与生物大分子的相互作用\t5
1．2．2 药物配体与生物大分子的选择性\t6
1．3 生物大分子计算机模拟方法\t7
1．3．1 生物大分子的构建―― 同源模建方法及应用\t7
1．3．2 分子对接方法及应用\t10
1．3．3 分子力学和分子动力学原理与应用\t14
参考文献\t21
第2章 配体与平行型DNA G-四链体沟槽相互作用的理论研究\t32
2．1 引言\t32
2．2 Dist-A二聚体与[d(TGGGGT)]4序列 G-四链体的动力学模拟\t33
2．3 Dist-A二聚体与 [d(GGGGGG)]4序列 G-四链体复合物的动力学模拟\t35
2．4 三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质\t37
2．5 基于平行型DNA G-四链体沟槽的药物设计\t39
参考文献\t39
第3章 Dist-A及其衍生物与反平行型DNA G-四链体相互
作用的分子动力学研究\t41
3．1 引言\t41
3．2 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的
分子对接\t42
3．3 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的
动力学模拟\t44
3．3．1 动力学模拟体系\t44
3．3．2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体
宽沟槽方向上的动力学行为\t44
3．3．3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体
中沟槽方向上的动力学行为\t46
3．3．4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体
窄沟槽方向上的动力学行为\t49
3．3．5 配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响\t51
3．3．6 MM_GBSA能量分析\t53
参考文献\t54
第4章 类固醇衍生物选择性识别端粒DNA G-四链体/
B-DNA的分子动力学研究\t56
4．1 引言\t56
4．2 类固醇衍生物与杂化型端粒DNA G-四链体的
分子对接\t57
4．3 Steroid FG与杂化型端粒DNA G-四链体复合物
动力学模拟\t58
4．4 Steroid FG与B-DNA复合物动力学模拟\t59
4．5 MM_PBSA能量计算\t61
4．6 基于杂化型端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计\t63
参考文献\t63
第5章 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学研究\t65
5．1 引言\t65
5．2 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子对接\t65
5．2．1 配体的选择\t65
5．2．2 端粒DNA G-四链体的选择\t66
5．2．3 分子对接\t66
5．3 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟\t70
5．3．1 复合物动力学模拟体系及模拟时间\t70
5．3．2 浙贝碱/1NP9（1∶1）复合物的动力学模拟\t71
5．3．3 浙贝碱/1NP9（2∶1）复合物的动力学模拟\t72
5．3．4 浙贝碱/1KF1复合物的动力学模拟\t74
5．3．5 浙贝碱/143D复合物的动力学模拟\t76
5．3．6 G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响\t77
5．3．7 G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响\t79
5．3．8 浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能\t80
第6章 螺旋烃M与高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学
模拟研究\t82
6．1 引言\t82
6．2 螺旋烃M与不同高阶端粒DNA G-四链体的分子对接\t84
6．2．1 螺旋烃M分子结构\t84
6．2．2 分子对接结果\t84
6．3 高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟\t85
6．3．1 二阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟\t85
6．3．2 三阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟\t90
6．4 高阶端粒DNA G-四链体的PCA分析\t93
6．5 高阶端粒DNA G-四链体的均方根涨落值分析\t94
6．6 螺旋烃M对二重复单元端粒DNA G-四链体结构的影响\t96
6．7 螺旋烃M对三重复端粒DNA G-四链体结构的影响\t97
参考文献\t99
第7章 RNA适配子与NF-(B P50相互作用的分子动力学
模拟研究\t101
7．1 引言\t101
7．2 29-nt RNA/P50复合物的分子动力学模拟\t102
7．2．1 29-nt RNA/P50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性\t102
7．2．2 复合物结构的波动性\t102
7．2．3 RNA和P50的静电势\t104
7．2．4 29-nt RNA与P50相互作用位点\t104
7．2．5 P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性\t106
7．2．6 P50单体结构的波动性\t106
7．2．7 29-nt RNA/P50复合物体系自由能\t107
7．3 自由29-nt RNA的构象动力学模拟\t108
7．3．1 自由29-nt RNA分子动力学模拟的轨迹稳定性\t108
7．3．2 自由29-nt RNA结构的波动性\t108
7．3．3 自由29-nt RNA分子动力学模拟构象\t109
7．3．4 自由29-nt RNA螺旋参数\t110
7．4 突变RNA的构象动力学模拟\t113
7．4．1 突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性\t113
7．4．2 突变RNA结构的波动性\t113
7．4．3 突变RNA螺旋参数\t114
7．4．4 自由29-nt RNA和突变RNA的自由能\t116
参考文献\t117